《淡新檔案》經過多年來的整理，除了讓原件能夠更妥善地繼續保存，因此有複本可供讀者查閱外，還有各式索引、目錄、排印的版本可供讀者更方便地利用淡新檔案。

■原件及複本
．原件
現典藏於臺大圖書館特藏組。已經過殺蟲、裱褙等程序，並放置於恆溫恆濕的環境內，為了維護原件的完善，因此原件不接受讀者調閱。
．微卷
民國67年（1978）戴炎輝教授前往美國華盛頓大學研究時，曾將淡新檔案全部拍成33卷微卷，其中包括行政門16捲，民事門9捲，刑事門8捲。目前淡新檔案的微卷除存放於臺大圖書館特藏組外，其餘如中研院傅斯年圖書館、臺史所、美國華盛頓大學、日本東京大學等亦有收藏。
．影印紙本
現有2種，一是從微卷再影印而成紙本；二是從數位影像檔輸出，文字較清晰。


■點校及印刷本
．台銀叢印本
民國60年（1971），臺灣銀行經濟研究室將淡新檔案行政編內的一部份點校後，排印出版《淡新檔案選錄行政編初集》（「臺灣文獻叢刊」第295種，共四冊 ），但是由於當時人力、經費之限制，每一案只挑選其中數件作為代表，並不齊全，因此僅能作為參考之用。
．臺大出版品
以全文電子檔為藍本再排印出版，民國84年（1995），由臺大歷史系整理出版《淡新檔案》一至四冊，涵蓋行政編的第一、二類。之後出版的工作移交回臺大圖書館，敦請吳密察教授主持，率領歷史研究所學生，於民國90年出版第五至第八冊，涵蓋行政編之財政及建設兩類；民國93年出版第九至第十二冊，涵蓋行政編之建設、交通及軍事三類；民國94年出版第十三至第十六冊，涵蓋行政編撫墾類；民國95年出版第十七至第二十冊，涵蓋民事編之人事及田房類；民國96年出版第二十一至第二十四冊，涵蓋民事編之田房及錢債類。民國97年預定將出版第二十五至第二十八冊。 詳細介紹請參閱「淡新檔案出版」。


■ 目錄、索引、摘要
．淡新檔案分類目錄
戴炎輝先生所整理，將《淡新檔案》以一案為主，再將其中之案件摘要、相關 人姓名、年代地域、收發文者等項目依件簡述。此目錄有兩套，一套以年代排序， 一套以案號排序，目前兩套目錄都藏於臺大圖書館特藏組。
．十二欄位表
在「淡新檔案分類目錄」的基礎上，臺大歷史系再發展出十二欄位表，將《淡新檔案》的每一件都以十二個項目（如：案由、文書格式、相關人名、事件、地名 等等）來描述。