圖書館搬遷至現在的新館後，原典藏於舊總圖書館、文圖、工圖、管圖及院系圖書分館 （室）之書籍，才得以集中典藏。在彙整這許多不同單位的圖書之際，同時也篩選出年 代久遠或書況不佳之舊籍。這些書籍都有必要給予特別的典藏環境，因此將之集中保存 於五樓特藏組，而名之為「1900舊籍」。「1900舊籍」依資料類型區分為下列幾種：

• 美國國會圖書分類法舊籍：年代介於1800至1900或書況特殊之圖書，非隸屬於專藏文庫或地區資料，且以美國國會圖書分類法分類之舊籍。以西文資料為主。
• 中國圖書分類法舊籍：年代早於1900或書況特殊之圖書，非隸屬於專藏文庫或地區資料，且以中國圖書分類法分類之舊籍。以中、日文資料為主。
• 藤田文庫：為已故臺北帝國大學文政學部部長藤田豊八博士藏書中之西洋圖書。內容以東洋關係之書籍為主。
• 深田文庫：為已故京都帝國大學教授深田康算博士所蒐集之哲學、美學及文學書籍，以德文書為主。
• 青木文庫：為臺北帝國大學理農學部動物學講座青木文一郎(B.Aoki)教授蒐集而得。主要內容為亞洲地區自然史相關的期刊抽印本與論文。
• 渡瀨文庫：原東京帝國大學教授渡瀨庄三郎之藏書。內容主要為動物學關係之圖書及小冊子。