應臺灣大學的邀請，2011年5月8日至15日，周其鳳校長率領北京大學135人代表團訪問臺灣，展開北大歷史上規模最大的校際交流活動。北京大學副校長海聞、劉偉、李岩松等做為副團長一同出訪。代表團成員包括27個院系的著名學者和相關教授代表、相關對口管理部門負責人和40名學生代表。此次出訪人員的陣容，一方面體現了北大各院系對開展兩岸交流的高度重視，另一方面也充分凸顯了北大與臺灣高校交流的學術基礎。

在台期間，北京大學在臺灣大學隆重舉辦「北京大學日」系列交流活動，並參訪中研院、成功大學、臺灣師範大學、中央大學、中山大學(高雄)、東海大學等臺灣高校和研究機構，拜會各界友好人士與機構，在科研合作、教員交流、學生交換等領域簽署了一系列重要協議，收穫了極為豐富的交流成果。此外，北大學生藝術團還在臺舉行了四場文藝演出。此次訪臺，無論人員規模、活動層次還是最終成果，在北大校際交流上都是空前的，也為未來海峽兩岸的教育交流做出了有益的探索和嘗試。

5月8日抵臺當晚，王金平先生設宴歡迎北大代表團一行，並邀請中國國民黨榮譽主席連戰、親民黨主席宋楚瑜一同出席。來自臺灣大學、新竹清華大學、新竹交通大學、中研院等高校及研究機構的代表近百人出席了晚宴。王金平先生等對代表團一行表示熱烈歡迎，並希望日後兩岸高等教育界進一步密切交流，加深合作。周其鳳校長感謝臺灣各界長期以來對北大的關注與支持，並表示北大將繼續深化與臺灣相關高校的教育學術交流，造福兩岸社會。

5月9日周其鳳校長率北京大學代表團一行訪問臺灣大學，並舉辦「北京大學日」系列交流活動。當天上午，周其鳳校長在臺大發表題為「攜手共創，邁向卓越」的主題演講。他指出，文化多元的浪潮正在使高等教育的整體結構發生重要變革，北大和臺大都面臨著新的挑戰，這是兩校跨越海峽、實現歷史性合作的現實基礎。他還提出對北大和臺大未來合作方向的三點構想，認為兩校應該在建立穩定的科研與人員交流機制、發揮學術與人才優勢、為兩岸的社會進步與人民福祉服務以及傳承和宏揚中華文化等方面攜手並進，共同開創兩岸教育、文化交流的美好明天。

去年，李嗣涔校長訪問北大，臺大設立北大聯絡處，為落實雙方戰略合作提供有力保障。此外，兩位校長還共同簽署了《北京大學與臺灣大學交換學生計畫協議書》、《北京大學圖書館與臺灣大學圖書館交流合作協議書》、《北京大學政府管理學院與臺灣大學社會科學院學術交流合作協議書》等協議，進一步擴大雙方在科學研究、人才培養等方面的合作。

在歷史上，臺灣大學與北京大學在人員延續、精神傳承上曾有過諸多淵源。出身北大的胡適、傅斯年等先生赴臺以後，對臺大精神的形成、學校的發展產生過重要影響，為配合此次「北京大學日」的舉辦，臺灣大學特別策畫舉辦了「臺大與北大的時空交會」的主題展覽，全面反應了兩校的歷史聯繫和深厚情誼。

9日下午，兩校院系教授、管理人員和學生代表分別參加形式多樣的專場交流，大家暢所欲言，氣氛十分熱烈。其中，北大法學院與臺大法學院簽署了《北京大學法學院與臺灣大學法學院學術交流合作協議》。此外，北大─臺大合作委員會第二次會議同期舉行。雙方就兩校未來合作的重要事項進行探討和交流。

當晚「北大之夜：北大臺大學生文藝交流晚會」在臺灣大學舉行。來自北大合唱團、舞蹈團、民樂團、交響樂團以及臺大學生社團的代表為兩校師生獻上了一場精彩的文藝演出。

10日- 15日，北大代表團由臺北南下臺中、臺南、高雄等地，先後訪問中研院、臺灣師範大學、中央大學、政治大學、東海大學、成功大學、中山大學(高雄)等高校和研究機構，並簽署多項交流合作協議，內容涉及教員交流、學生互換、科研合作、社會服務等方面。此外，代表團還拜會了海基會已故前董事長辜振甫的遺孀、臺婦聯會主委、北京大學首任校長青年機菁會等友好人士和機構。同時，北大學生藝術團還在臺北「國父紀念館」，東海大學及中山大學進行了交流演出，獲得廣泛的好評。