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「余嘗有志於修人類學，數年以來致力於斯學之研磨，久期於闡明亞細亞各種人類之系統關係，聊資裨補學界於萬一。而今，斯學之溥博淵泉的臺灣，屬我版圖，不僅學術上，將來治教之需要上，亦逢不可不速為研究調查之機。」─伊能嘉矩 1895

來臺前夕，伊能曾發表一篇〈陳余赤志，訴於先輩君子〉，表達其渡臺之目的和抱負。

1893年，伊能嘉矩加入「東京人類學會」，向東京帝國大學人類學教授坪井正五郎學習人類學，同時也與鳥居龍藏一起組成「人類學講習會」，致力推廣人類學。

1895年日本統治臺灣，伊能嘉矩抱著從事人類學研究與教育原住民的熱情來臺。12月，甫抵達臺灣的伊能與同是東京人類學會會員的田代安定一同創設「臺灣人類學會」。

殖民初期，日本人為瞭解臺灣原住民與漢人社會，設立一些學會團體。1898年成立的「蕃情研究會」、1900年成立的「臺灣慣習研究會」，伊能都是核心人物，活躍在這些學會。

伊能嘉矩最初數年的臺灣原住民與漢人社會風俗的研究成果，發表在《東京人類學會雜誌》，引起學界重視，開展了日本殖民地人類學研究。