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(一) 《臺灣蕃人事情》（1900）

1897年，伊能嘉矩與同事粟野傳之丞為了進行臺灣原住民的調查，環繞臺灣全島一周，留下了調查紀錄《巡臺日乘》。1900年，伊能嘉矩將調查結果發表在與粟野共著的《臺灣蕃人事情》，是第一本現代意義的臺灣原住民民族誌。

- 伊能嘉矩以現地調查成果為基礎，將臺灣原住民分為九個族群，其族群族分類成為此後臺灣原住民族群人類學與歷史學研究的基礎。 -

(二) 《臺灣志》（1902）

在1902年出版的《臺灣志》中，伊能嘉矩以近代歷史學的規範，建構臺灣的歷史沿革，在書中並提出包含了包含歷史沿革、地理、與原住民的整體臺灣歷史書寫計畫。

(三) 《領臺始末》（1904）、《領臺十年史》（1905）

作為當時歷史參與者的伊能嘉矩，也從是事當代史撰寫。《領臺始末》記錄馬關條約簽訂前後與臺灣交接的政治史。《領臺十年史》則是呈現日本統治臺灣十年的記錄，自豪在殖民地經營上，可與歐美強國比肩。

(四) 《臺灣蕃政志》（1904）、《理蕃誌稿》（1911）

伊能嘉矩先後受臺灣總督府殖產局與蕃務本署委託，編纂從荷蘭時代至清末的理蕃政策史《臺灣蕃政志》，以及日本統治初期的理蕃政策沿革《理蕃誌稿》。這兩本專著是瞭解臺灣歷史上國家統治原住民政策的基礎研究。

- 1897年發生在林圯埔撫墾署管內蕃地殺人事件，伊能曾稟筆直書此一日治初期政策不當 所引發的殺人事件原稿，原先作為《理蕃誌稿》附錄，出版前被撤稿。 -

(五) 《臺灣巡撫トシテノ劉銘傳》（1905）

伊能嘉矩透過以撰寫臺灣巡撫劉銘傳的人物傳記，研究19世紀末的臺灣新政，並高度評價劉銘傳的事功，是清代兩百年臺灣史未曾有的新局面。 - 伊能書寫清末臺灣建省之際劉銘傳 主政經歷的手稿，多次修改 -

(六) 《傳說に顯はれたる日臺の連鎖》（1918）

《傳說に顯はれたる日臺の連鎖》是伊能嘉矩生前最後出版的臺灣研究專著，透過日本古文獻與臺灣原住民口傳的比較研究，伊能建立日本文化的南島文化要素中，臺灣與日本的關係。

- 在專書出版後，伊能仍持續 增補文獻與傳說的資料。 -

(七) 《大日本地名辭書續篇》（1907）

地理即是歷史，歷史地理學者吉田東吾邀請「臺灣通」伊能嘉矩撰寫臺灣地名辭典，收入在《大日本地名辭書續篇》。伊能透過臺灣各地地名的解釋，研究臺灣區域地理與歷史。本書也是臺灣最初的歷史地理學辭典。