1867年， 1歲，出生於日本今岩手縣遠野城下町。
1886年，19歲，以公費推薦生資格進入岩手縣師範學校，後年退學前往東京。
1893年，27歲，進入東京人類學會，從學於東京大學人類學教授坪井正五郎。
1894年，28歲，開始在《東京人類學會雜誌》 發表論文。
1895年，29歲，日本統治臺灣後來臺，擔任臺灣總督府雇員。
1895年，29歲，與博物學家田代安定創立「臺灣人類學會」。
1896年，30歲，臺北近郊與宜蘭的平埔族田野調查。
1897年，31歲，臺灣全島田野調查。
1898年，32歲，提出臺灣原住民族群分類。
1900年，34歲，南部臺灣、澎湖田野調查。
1900年，34歲，與粟野傳之丞出版《臺灣蕃人事情》。
1902年，36歲，出版《臺灣年表》、《臺灣志》。
1904年，38歲，出版《臺灣蕃政志》、《領臺始末》。
1904年，38歲，東京人類學會表揚伊能嘉矩臺灣研究功績。
1905年，39歲，出版《臺灣巡撫トシテノ劉銘傳》、《領臺十年史》。
1906年，40歲，返回遠野，在遠野家中設立「臺灣館」繼續從事臺灣研究。
1909年，43歲，出版《大日本地名辭書 第三 臺灣》。
1909年，43歲，與柳田國男會面，談論遠野地方歷史與民間傳說。
1910年，44歲，設立「遠野史談會」。
1911年，45歲，出版《臺灣總督府理蕃誌稿  第一篇》。
1921年，55歲，參與臺灣總督府史料編纂委員會，從事清代臺灣歷史研究。
1925年，59歲，逝世。
1928年，歿後3年，遺著《臺灣文化志》出版，臺北帝國大學設立「伊能文庫」。