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臺灣大學圖書館特藏資料典藏於總圖書館五樓，開架區陳列臺灣研究、贈藏文庫以及與特藏資源相關之現代出版品，其餘珍善本、舊籍圖書與手稿檔案等則依其語文、類型、年代分別庋藏於各閉架書庫中。
一、地區資料
本校前身為日治時期之臺北帝國大學，建校初期便建立極具地域特色之講座與研究所，從事中國大陸華南、臺灣及南洋地區有關歷史、自然、產業、資源等各方面之調查和研究。
(一)臺灣資料舊藏
本館臺灣資料數量龐大，與國立中央圖書館臺灣分館、國史館臺灣文獻館鼎足而三，為臺灣史資料重要的收藏機構。包括《淡新檔案》、《岸裡大社文書》、伊能嘉矩文庫、田代安定文庫、磯永吉文庫、楊雲萍文庫、臺灣總督府及所轄機關出版品、臺北帝國大學刊行物、日治時期私人出版品等資料。
(二)日本研究
日本地區研究資料是以日文舊籍資料為主，舉凡日本研究相關之哲學、宗教、教育、史地、社會科學、應用科學、語文及藝術皆在收錄之列，其中尤以日本近代史及日本文學資料最為豐富。此專區資料內容涵蓋時間遠自日本上古下迄二戰結束，其中更有許多明治時期的珍貴書籍。
(三)東南亞資料
東南亞資料其地理範圍除現今的東南亞各國外，尚包括印度、濠洲（今之澳洲）、紐西蘭及太平洋諸島嶼，內容多為產業資源調查及南洋諸國之史地概論，是臺北帝大在南方研究之重要資料來源與成果展現。其中曾於馬尼拉任教的德國語言學者Otto Scheerer之藏書，多為有關菲律賓各種方言、史地以及民族學的文獻書籍，尤具特色。
(四)亞洲研究
亞洲研究是指日本及東南亞地區以外的亞洲地區資料，地理範圍以韓國、蒙古、滿洲、華北、華中、華南、海南島、新疆以及西藏等東亞地區為主，包含台北帝大東洋史學講座圖書。
二、中文善本及線裝書
本館收藏之中文線裝書，清乾隆60年（1795）以前之版刻列為善本，清嘉慶以後有特色而顯著者亦列入，其後至1949年為古籍線裝書。典藏之書籍內
容包羅萬象，遍及經史子集叢各部，以叢書藏量最多，次為清人文集。現藏中文善本古籍1,900部，2萬8千餘冊，其中特色文庫包括：
1.烏石山房文庫
2.久保文庫
3.石原文庫
4.高凌霨藏書
三、日本漢籍
中國典籍傳至日本以後，一般先以傳抄、翻刻的形式加以傳播，日本人為了閱讀漢籍，發明了在其旁添加各種符號和假名直接用日語閱讀的方法。
此外，日本人又對漢籍從事校訂、注釋、考證、輯補等工作，甚至進一步的撰寫有關中國古籍的研究著作，此類書籍通稱為日本漢籍（和刻本）。
本館日本漢籍（和刻本）館藏量在730部以上，內容遍及經史子集叢各部，內容豐富。其中不乏珍稀抄本、名家藏本，並有與臺灣關係密切之典籍。
四、歷代寶案
《歷代寶案》是琉球的首里王府將15~19世紀間，琉球與中國以及其週邊國家的外交文書加以編輯而成，其原稿涵蓋的年代起自1424年（琉球尚巴志3年，明永樂22年），迄於1867年（琉球尚泰20年，清同治6年）。
其原書因地震火災與戰爭之故，均已先後燬失。本館所收藏的《歷代寶案》計249冊，是臺北帝國大學小葉田淳教授於原書尚存時，委託琉球久場政盛手抄的版本，原書有水漬、蟲蛀、鼠囓等損毀不全之處，抄本即描摹出缺損處，是現存各種版本中最為完整、最接近原件原貌的一部。
五、西文善本
本館所藏之西文善本珍籍，多為臺北帝國大學時期購得，具有甚多特色文庫，其中包括7本搖籃期刊本（通常指1451-1500年間，西洋印刷術開始發展時所印行的書籍，為西洋印刷史上之珍本）。
六、日文線裝書
本館典藏之日文線裝書古籍大部分為日本江戶時代（約17世紀〜1867年明治時期之前）之刊印本或手抄本，亦包含少數更早的15世紀中葉之手抄本如《日本書紀》圓威本。涵蓋了日本國文學發展史上各種文藝類型之作品，例如，日本書紀、假名草子、浮世草子（包含西鶴本、八文字屋本）、有關哲學宗教、風俗習慣、教育、自然科學與技術等不同主題之古線裝書，以及辭書、詩歌（包含和歌、歌集注釋書、連歌、狂歌、俳諧、雜俳等）、戲曲（包含淨琉璃、說經、歌舞伎、歌舞伎繪本、腳本等）、物語（包含物語、物語注釋書、鎌倉物語、室町物語、軍記物語、說話等）、近世小說（包含洒落本、滑稽本等）、隨筆、日記、漢詩文等不同文學樣式之文藝作品，甚至包含史料類的古文書、碑文集等；頗為完整地呈現了日本自室町時代以來，尤其是江戶時期之文史發展軌跡。
七、名家手稿
手稿的收藏，是現代特藏蒐集的要項之一。因本校教授、校友中不乏名家，自2000年起先以本校教師及校友中，屬文、史、哲學名家之手稿為蒐集範圍，其後執行較具規模、經驗和制度化後，已擴大蒐集範圍至各學科領域，並致力蒐集非本校之其他名家手稿。目前典藏手稿名家達100餘位，各名家之手稿，少則一篇文章，多則為該名家所有手稿，包括王文興、林文月、臺靜農、白先勇、葉維廉、王禎和、楊雲萍、殷海光、鄭騫、潘貫、慎芝與關華石、柏楊、桂文亞、姚朋、裴溥言等人手稿均在收藏之列。
八、特藏資料數位化
圖書館近年致力於館藏數位化工作，以數位化方式保存珍貴典藏，建置全文影像資料庫，包含淡新檔案、臺灣古碑拓本、伊能嘉矩手稿、田代安定手稿、歌仔冊、狄寶賽文庫等全文影像均可自資料庫查詢外，亦以自建或合作數位化的方式建置「臺灣舊照片資料庫」、「臺灣日治統計資料庫」、「日治法院檔案資料庫」、「慈林教育基金會典藏臺灣社運史料資料庫」、「中國國民黨史料資料庫」等等，希望珍貴典籍手稿原件能減少翻閱、加強保護，使用者亦能不限時地隨時存取使用，協助教學與研究。
九、特藏資料出版
自1998年遷館以來，已出版書籍十餘種，有書目類如《國立臺灣大學圖書館增訂善本書目》、《國立臺灣大學典藏日文善本解題圖錄》、《國立臺灣大學圖書館館藏小川文庫目錄》、《國立臺灣大學圖書館館藏大鳥文庫目錄》，有全文類如《國立臺灣大學圖書館典藏日本書紀影印‧校勘本 一 圓威本》、《歌壇春秋》、《王文興手稿全集》等等，亦發揮館藏推廣之功。
十、特藏資料常設展
特藏資料均置於閉架書庫，為增進讀者來賓之認識，特將重要珍藏以仿真品展示於圖書館五樓特藏資料區中廳兩側展櫃，歡迎蒞臨參觀。
參觀時間：
全年(開學期間及寒暑假)
週一至週五 9:00-17:00
週六日 不開放
